但是在这期间出现了较大的反复性，不少原已改由流官治理的州县又重新恢复壮族土司的世袭统治，个别土州、县在土、流之间反复更替。
譬如，忻城县，元以土官莫保为八仙屯千户，洪武初设流官知县，弘治九年(1496年)复为土县。
南丹土州设置不久，土知州莫金因“以叛诛”，洪武二十八年(1395年)“废州置卫”，后因其地多瘴，“既而蛮民作乱，复置土官知州，以金子莫禄为之”。
上林长官司，成化年间改流后，弘治年间又复土，“正、嘉、隆、万间，朝贡犹时至”。
利州，自知州岑颜被泗城土官岑豹杀害，夺去州印后，“遂以流官判州事”达数十年，终于嘉靖二年“归并泗城”，以土官复辟而告终。
左州，改流后不久又恢复土官统治。
后因其土官子孙争袭，又实施第二次改土归流。
思恩府和田州府改流时，按常规另设知府、通判、推官、经历、知事各一员，并派兵防守。
但因思恩府土官王受联合田州土官卢苏进行反叛，迫使明廷出兵进剿，终以招抚之法平息此事。
随后，为进一步加强对该地区的管理，明廷遂于原田州、思恩地方增设了许多土巡检司，依然回复到往日“以夷治夷”的统治状态。
由此可见，明代广西的改土归流具有着较强反复性的显著特征。
明代广西改土归流出现较大的反复性，究其原因，是多方面因素造成的。
第一，明代广西改土归流之所以出现较大的反复性，是由于明代正值壮族土司制度的全盛时期，土司制度的发展尚处于上升阶段，总体上还能适应桂西少数民族地区社会经济发展的需要，少数民族人民也还能适应土司制度的统治，因而土司制度的存在仍然具有较大的合理性与必然性。
这一时期，就明朝廷而言，尚无足够的力量对桂西少数民族地区进行直接统治。
土司地区新生的地主经济还很脆弱，尚不足以压倒封建领主制经济和撼动壮族土司统治的根基，土司制度在一定程度上尚能适应其赖以存在的经济基础而正常发展。
在这种情况下，改土归流出现较大反复性是不难理解的。