第二，从明朝廷的角度来看，一方面，鉴于壮族土司制度日益暴露出的诸多弊端，为了达到对壮族地区进行直接管理与统治的目的，以实现其政治意义上的封建大一统格局，明朝廷势必要对壮族土司进行改流，废除土司的世袭统治。
另一方面，随着改流工作的不断推进，明朝廷也逐渐意识到了改流过程中的“事与愿违”，遂于改流问题上亦不可避免地产生了一定程度的动摇心理。
因为在当时具体的历史条件下，为了巩固封建统治，基于自身的统治利益需要考虑，明朝廷还必须依靠土司土兵的力量，以达其“以夷制夷”之政治目的。
因此，明朝廷主观上对土司土兵的倚重无疑成为明代广西改土归流出现反复性的重要原因。
第三，从壮族土司的角度来看，“改土归流”说到底就是要废除土官改设流官，剥夺土官的世袭特权和地位，改由流官对土司地区进行直接管理，这就在很大程度上触动了土官的根本利益，显然成了土官的致命伤，土官自然情非所愿。
因此，明代在广西的改土归流首先遭到了来自各级土官的不同程度的抵制与反抗，这是造成明代广西改土归流出现较大反复性的主要原因之一。
第四，从下层民众的角度来看，明代在广西地区的改土归流并不是自下而上进行，而是由明代统治者从其阶级利益出发，通过自上而下的方式，更多地是采取军事强制手段来进行，因而得不到各族人民群众的广泛拥护和支持，改土归流显然尚缺乏群众基础，因而改流的根基并不牢固，以致时改时停，或改了又复，或名改实存，或根本未改，意欲彻底改流，其难度之大可想而知。
由于明代正值广西壮族土司制度全面发展的全盛时期，土司制度总体上尚能适应广西少数民族地区社会经济发展的需要，少数民族人民尚能适应土司制度的统治，而明王朝又无足够之力对广西少数民族地区进行直接的统治，由此，以政治和军事力量作后盾而强制推行的改土归流政策，势必会在某些方面产生不良的社会效果和消极影响。
譬如，洪武初年，忻城土县废土设流，正统年间，瑶族人民纷纷起来反抗，流官无法统治，引起社会动乱，影响正常生产，弘治末年，明王朝被迫复流为土。
弘治十八年(1505年)，明廷平定岑接等土官叛乱之后，在田州改土归流，降知府岑猛为福建平海卫千户，田州由府降为州，以平乐知府谢湖掌州事。
结果遭致岑猛反对和土民不满，改流失败。
由此可见，不少土府、土州、土县改流后引发了不少社会问题，这对民族地区社会的发展有所不利。
同时，改土归流引起的社会动乱，对边疆的稳定与安全有所不利，正如嘉靖六年两广都御史姚镆所言:“流官之设，徒有虚名，反受实祸。思恩未设流官之前，土人岁出兵三千以听官府调遣。既设流官之后，官府岁发民兵数千人，以备土人之反复，流官之无益，断然可睹。况田州邻交趾，深山绝谷，悉瑶壮盘据，必仍设土官，期可藉其兵力以为屏蔽。若改土为流，则边鄙之患，自我当之，后必悔。”
由此可见，明代在广西推行的改土归流政策，是在条件尚未完全成熟的情况下进行的，因而改流很不彻底，具有很大的局限性。
然而，随着改土归流工作的逐渐推行，表明曾经盛极一时的广西壮族土司制度至此已开始走向下坡路。
当然，在明代特定历史条件下，改土归流的客观效果及其对土司地方日后历史发展产生的影响也是不容否认的。