嘉靖六年(1527)，任两广总督兼巡抚之职的王守仁，亲赴广西镇压思恩、田州苗民起义和黔江流域的大藤峡瑶民起义，平复地方，“以图久安”。
他从壮族土司防边作用的角度出发，以为“必须仍存土官”，反对思恩、田州等土属地方改流。
“夫流官设而夷民服，何苦而不设流官乎，夫惟流官一设而夷民因以骚乱，仁人君子亦安忍宁使斯民之骚乱，而必于流官之设者。土官去而夷民服，何苦而必土官乎，夫惟土官一去而夷民因以背叛，仁人君子亦安忍宁使斯民之背叛，而必于土官之去者。”
在这一思想的指导下，王守仁权衡利弊，认为非用土官不可，但亦应以流官知府加以控制。
持“设流论”者，多从“夷夏之防”、“以夏变夷”的观点出发，主张设置流官对壮族土司区进行直接统治。
他们以姜绾、萧东潭、苏濬、徐霞客等为代表。
据史书记载，弘治中，庆远知府姜绾，“总督刘大夏奇其材，荐为右江兵备副使。
思恩知府岑濬逐田州知府岑猛，绾献策总督潘蕃，蕃令与都指挥金堂合诸路兵大破贼，思恩平，绾条二府形势，请改设流官比中土，廷议从之”。
明代著名地理学家徐霞客也明显倾向于“设流论”，力主对闹事作乱的土司予以严惩，设立郡制，改土归流。
针对当时田州与归顺争夺镇安嗣位、归顺借交趾莫夷之兵出战的情况，他指出:“纠夷有辟，土司世绝，皆有当宪。
今龙英、镇安正当乘此机会，如昔时太平立郡故事，疆理其地。”
除上述情况外，时朝廷内外、朝野上下亦有部分官员鉴于广西民族地区的实际情况，游移于“设土”与“设流”之间，主张或土或流，当因地制宜。
针对这些争论，明朝廷有针对性的做出了回应，在一些矛盾较为突出的壮族土司统治区实施改土归流政策。
“明朝统治者既要考虑处理民族关系、实现‘以夷治夷’、‘以夷攻夷’的需要，又不能过多地放弃流官统治下地主阶级既得的政治、经济利益，于是采取了折衷办法:第一，大土司尽量少设，小土司可以多设;第二，不论设置大土司还是小土司，都要采取适当的措施，以防坐大。”
不过明代广西的改土归流并非一帆风顺，更非一蹴而就，而是经历了一个曲折而漫长、尖锐而复杂的斗争过程。
据统计，整个明代在今广西地区实行改土归流共16处。