的确，如上所述，在土司统治区内，广大农民对土官土司的人身依附关系极为强烈，广大土民被牢牢束缚在土地上，不能随便迁居流动，土司甚至可以随便杀害农民，土民在土司的野蛮统治下，没有人身自由。
所以，农民反抗斗争不断发生。
明代土司制度下广西各族人民的反抗斗争，就是各族人民同封建朝廷和地方土司之间的矛盾日益尖锐化的必然产物。
其中规模较大、影响较深的农民起义，有大藤峡起义、府江起义、古田起义、八寨起义等。
我们现在从广西土司制度的渊源与发展来看，“明代是广西土官制度的鼎盛时期，也是广西土官制度衰落的起点”。
明朝统一全国后，随着社会的发展，土司制度所固有的各种弊端日渐暴露出来。
土司官族内部和土司与土司之间，常因争夺袭位或土地而产生矛盾与斗争。
同时，由于土司制度具有浓厚的封建割据性，土司政权与中央政权之间也极易产生矛盾和冲突。
于是，封建统治者为了进一步巩固和加强封建中央集权统治，在对各种现实条件进行分析和对自身各种权益作了考量之后，决定对长期存在的壮族土司制度进行变革和实施改流。
“改土归流”因而也成为明代广西壮族土司制度的一项重要内容，所以不止是清朝，早在明朝就已经在推广这一制度了。
不过这却并没有那么容易，其中的争议相当之大，例如首先就是关于设土与设流的争议。
因为改土归流触及上至明朝廷各个阶级、阶层或集团的利益，下至壮族土司及壮族民众的利益，特别是涉及多民族国家的边防问题。
因此，在改土归流问题上，朝廷内外、朝野上下存在着思想认识上的不统一和认同上的较大差异。
于是，各方或主张设土，或主张设流，或主张流土兼治，意见纷呈，异议迭现，在改流进程中出现了思想交锋。
持“设土论”者，大多遵循传统的“以夷制夷”思想，鉴于壮族土司在稳固边疆防卫与维持地方社会秩序中具有一定作用，因而力主保留壮族土司的世袭统治地位。
他们当中以王守仁、林富、揭稽、姚镆等为代表，其中尤以王守仁的议论最具代表性。