阿肯色号沉没之后，美国的其余战列巡洋舰的也在其被一一击沉，太平洋的海战告一段落，接下来的仍然是无聊的潜艇战，美国人的潜艇就像是无处不在的蟑螂，顽强的骚扰着太平洋航线上，那些船长的心。
·由于中国的战舰更多的将注意力转移到那几艘美国战列巡洋舰，所以对于反潜的工作就做得少了很多，美国潜艇进入了第二个黄金时期、尽管中国海军很早就介入了南洋上的护航作战；尽管中国早就向德国派出了军事代表团，掌握了美军潜艇的基本战术。
·但中国反潜措施远远没有真正落实——沿海地区没有实施***管制；航线上灯标和航标照旧大放光明；夜间航行的船只仍旧开灯行驶，并公开使用明码通讯；那些纸面上要求严格的条例没有人执行，只是一纸空文。
·中国沿海基本没有编组护航船队，几乎全是单船航行。一句话，中国人的警备实在是太松懈了，他们还以为战争还在中国的势力范围内！所有这些灯光和无线电通讯，都被美军潜艇很好地加以利用，成为掌握中国船只行踪最理想的情报来源。
所以说中国海军无论在组织上，还是在反潜兵力训练和数量上，都远远没有做好反潜准备。当时中国海军在海上战役指挥机构和司令部机构内都没有专门地反潜机关。反潜兵力仅有包括七十六艘驱逐舰、五十六艘扫雷舰、十四艘猎潜艇、十一艘炮舰和二十三艘近海巡逻艇在内的约二百八十艘各型舰只，反潜飞机也只有区区七十二架。
在太平洋东岸沿海活动的美军潜艇由于数量较少，也就没有采取集群攻击战术，而是实施单艇游猎，通常白天在远离商用航线的海域潜座海底，养精蓄锐；夜幕降临后则在航线上以水面状态搜索目标。一旦发现猎物，往往接近至鱼雷最小射程的距离才发射鱼雷，以确保不浪费鱼雷，而对小型船只，美军潜艇因为远离基地难以获得补给，艇长都不舍得使用鱼雷，一般都用甲板上的火炮将其击沉。
美军这十五艘潜艇取得了极大地收益，尤其是哈根海军少校任艇长的青鱼号。创下了击沉八艘运输船，计五万三千吨的记录。哈根在航海日志中感慨地写到：“如果有三十艘或艘潜艇的话，我敢保证一定会取得更大的战绩！”
整个一月，美军潜艇在太平洋总共击沉运输船四十八艘，计二十七万七千吨，几乎全是一月最后两周在中国海域取得的，加上在印度洋和太平洋海域的战果，总共击沉六十二艘，三十二万八千吨。
由于首批美军潜艇在太平洋东岸的辉煌战绩。大大激发了美军潜艇部队低落已久地士气。二月十日，邓尼兹又向中国派出第三批十五艘潜艇。这批都是排水量一六百吨的大型潜艇，有足够的燃料穿越巴拿马，溜进太平洋。
十七日，中国开始加强了沿岸目标的警戒，并开始对重要目标实行***管制，使得美军潜艇难以发现岸上目标。炮击计划只得取消。
尽管在太平洋东岸活动的潜艇取得了令人瞩目的战果，但是说实话，这种伤害并不是致命的，对中国而言是非常幸运的。要是大批美军潜艇到达太平洋东岸，后果将不堪设想！即便不会导致战局逆转，但是付出更大的代价是无疑的。美国人地短视给了中国人调整的机会。
从六月中旬起，中国扩大从台湾出发的护航运输船队规模，并减少船队次数。从每五天一次改为七天一次，这样就挤出了两个护航大队用于加强太平洋东岸的护航。这个办法其实并不难办到，但是却有惊人的效果，中国商船的损失减少了一半以上
六月底。中国开始实行护航运输船队制度，这样美军潜艇地狂潮终于被遏止，潜艇被强大的护航军舰逐出了攻击比较容易得手的近海海域，再也难以从容获取战机。尽管如此，美军潜艇在六月也取得了击沉七十四艘，计四十三万一千吨的战绩。
七月中国开始在整个东海岸都建立起了护航船队体系，中国海军总司令谭枫霖上将根据几个月的经验认为护航船队体系是解决潜艇威胁的唯一办法，
力进行护航船队体系的组织，从最早的局部护航，即一个锚地护送到下一个锚地，逐渐扩大为整个太平洋护航体系，
并开始组织岸基航空兵为船队提供空中掩护，还从太平洋舰队向东部海疆区调拨了一批军舰，编成六个护航队，每队包括两艘驱逐舰、两艘武装拖网渔船和三艘其他船只，以加强东部海岸地护航力量。至七月十五日，美军潜艇被逐出中国太平洋各主要航线，整个上旬，美军潜艇只击沉了十艘运输船。